L'école (ou style) Shotokan fut fondé par le maître Gichin Funakoshi, alors que celui-ci séjournait au Japon afin de tenter de diffuser le Karaté d'Okinawa. Maître Funakoshi fut donc le premier Okinawaïen à implanter le karaté en métropole japonaise.

Né en 1868 à Shuri sur l'île d'Okimawa, Gichin Funakoshi commence à pratiquer le karaté à l'âge de 12 ans sous la houlette d'Anko Asato (1818-1906).

Gichin Funakoshi est issu d'une famille de fonctionnaires très attachés aux traditions ancestrales. G. Funakoshi commence par étudier la médecine, mais un jour il prend connaissance d'une règle indispensable à toute carrière universitaire, à savoir que les élèves ne doivent plus porter le chignon traditionnel (symbole attestant le statut d'une famille attachée au respect de ses ancêtres). Or, pour G.F., ce symbole est d'une importance capitale, en regard d'un culte des ancêtres fort développé à Okinawa. Donc, G.F. refuse de couper son chignon et décide d'abandonner la médecine.

C'est seulement à l'âge de 20 ans, que G.F. se décidera à couper son chignon, provoquant ainsi un cataclysme familial. Gichin devient ensuite enseignant vacataire dans une petite école de Naha. Il y restera une trentaine d'années, puis, ce sera le départ pour Tokyo.

A partir de 12 ans, Gichin apprend le karaté sous la direction d'Asato. A l'époque, les entraînements se faisaient en secret et de nuit, dans le jardin du maître et éclairés par une unique lanterne. Bien qu'Anko Asato fut un des grands maîtres du Té (ancien nom du karaté), Gichin fut le seul élève qu'on lui connut.

C'est à ses début dans le cycle scolaire secondaire que Gichin fait la connaissance d'un autre grand maître, Anko Itosu (1930-1915), ami d'Anko Asato.

Suivant le conseil d'Asato,  Gichin s'entraîne indifféremment avec l'un et l'autre des deux maîtres. Les deux mentors ont cependant une conception différente du karaté et une morphologie complètement opposée. Alors Qu'Asato était un homme grand et large d'épaules, Itosu était assez petit et rondouillard. Ainsi, Asato prone l'esquive et Itosu le renforcement du corps pour absorber les coups. C'est cette différence de conception qui fera, dans les années à venir, la richesse du Shotokan.

Gichin continue à poursuivre son enseignement du karaté sous la direction de ses deux maîtres (de nuit), parallèlement à son travail scolaire (de jour).

En 1921, le prince impérial, alors en voyage décide de s'arrêter à Okinawa.

A cette occasion exceptionnelle, Gichin est chargé de diriger une démonstration de karaté faite par des écoliers. Un an plus tard, une exposition nationale sportive est organisée à Kyoto et Gichin y est envoyé pour présenter le karaté d'Okinawa.

Jigoro Kano, fondateur du Judo et occupant alors de hautes fonctions au ministère de l'éducation, est impressionné par la démonstration de Funakoshi. Aussi, il l'invite à faire une présentation du karaté au Kodokan à Tokyo. Gichin présentera une démonstration axée sur les Kata et notamment sur Naifanchi (ancien Tekki).

Suite à cette présentation élogieuse, Kano conseille à Funakoshi de tenter de diffuser le karaté à travers le Japon. C'est ce qui se produisi

A 53 ans, Funakoshi quitte ses fonctions d'enseignant et laissant femme et enfants à Okinawa (pensant qu'ils le rejoindraient plus tard), s'installe à Tokyo.

N'ayant aucune ressource, Gichin travaille comme concierge dans une pension pour étudiants okinawaïens. Il travaille à l'entretien de la pension et, parallèlement, il reçoit la permission d'utiliser une petite pièce pour commencer à y enseigner le karaté. Au début, peu d'élèves se présentent mais, au bout de deux ans, leur nombre augmente considérablement et la pièce devient bientôt trop petite pour les accueillir tous. Des groupes d'étudiants commencent à former des clubs de karaté, la diffusion du karaté dans les cercles universitaires fut alors très rapide.

En 1924, G.F. écrit un premier ouvrage intitulé Ryukyu Kenpo Karaté (Karaté, la boxe des Ryukyu), puis un second appelé Rentan Goshin karate Jutsu (Techniques du Karaté, Renforcement et autodéfense).

Dans les années 30, un courant nationaliste envahit le Japon et, tout ce qui vient de chine ou d'ailleurs fait mauvaise figure face à cette boulimie japonaise. Gichin, sentant le vent tourner, décide de prendre les devants et décide de changer les idéogrammes de karate (signifiant jusque là, la main de chine) pour en faire la main vide. Après avoir judicieusement choisi ses idéogrammes, il leur rajoute le terme de Do, la voie.

Nombre d'anciens d'Okinawa critiqueront sévèrement ce changement d'attitude de Funakoshi, lui reprochant de tourner le dos à ses racines.

Mais l'histoire donna raison à Gichin et, plus tard, tous les experts de karaté adopteront cette terminologie. Le karaté fut ainsi définitivement adopté comme art à part entière de la culture du Budo.

Mais revenons, à l'enseignement du maître...

Alors que le karaté se développait, la salle d'enseignement de Funakoshi devint rapidement trop étroite. C'est à cette période que Hakudo Nakayama, célèbre maître de Kendo, proposera à Funakoshi d'utiliser son Dojo pendant les heures vacantes. Mais, les deux activités étant en pleine expansion, Funakoshi préfèrera quitter le Dojo sept ans plus tard.

L'année suivante, il réussit à louer le rez-de-chaussée de la maison voisine et y installe son premier vrai Dojo.

En 1938, plusieurs élèves proposent à Funakoshi de construire un Dojo.

Gichin accepte et il l'appelle Shotokan (la maison de Shoto, pseudonyme qu'il utilise lorsqu'il écrit des poèmes). Malheureusement, ce Dojo fut détruit pendant la 2eme guerre mondiale.

C'est à partir de 1938, que Funakoshi met en place le système de grades inspiré du Judo et fondé sur les Kyu et les Dan. Il délègue également l'enseignement universitaire à l'élève le plus ancien de chaque groupe d'étude.

Peu de temps avant, son troisème fils, Yoshitaka a rejoint son père et suit son enseignement martial. C'est lui qui aura la charge du Dojo. Bien que naturellement maladif, Yoshitaka devient aux prix d'efforts incroyables, un expert dans son art. Cependant, sa jeunesse lui fait apporter des modifications au Shotokan que son père n'apprécie pas toujours. Il prône les techniques plus puissantes et dynamiques ainsi que le combat souple.

Sous l'impulsion de plusieurs élèves (dont Sensei Nakayama), Yoshitaka Funakoshi décide d'inclure l'exercice du combat libre dans son enseignement, ainsi que plusieurs nouveaux coups de pieds tels que le mawashi geri. Lors d'une rencontre avec des pratiquants de Goju Ryu, Yoshitaka et plusieurs de ses élèves essuient une défaite retentissante.

Yoshitaka rentre alors à Tokyo et développe le combat libre selon plusieurs critères techniques et stratégiques afin d'en améliorer l'efficacité. Plusieurs autres rencontres contre différents élèves d'autres styles eurent alors lieu et Yoshitaka put ainsi tester l'efficacité de son enseignement en remportant toutes les rencontres. Gichin Funakoshi rentre alors en conflit avec son fils, il n'est plus du tout d'accord avec la tournure que prend le karaté.

Après 1945, âgé de 77 ans il décide de repartir pour Okinawa y rejoindre ainsi sa femme et laisse le Shotokan à son fils.

Yoshitaka meurt en 1947. Les étudiants reprennent en main le Shotokan. A 80 ans, Gichin retourne à Tokyo.

En 1949, la Japan Karate Association est créée. Gichin pense que l'unité du Shotokan est en train de ressurgir. Mais, en 1950 des dissensions entre élèves éclatent par rapport aux méthodes d'entraînement et à l'approche générale du Shotokan.

Les contradictions et frictions éclateront de plus belle à la mort de Gichin Funakoshi en 1957.